学校现设有以下院系：
护理系、临床医学系、中医系、药学系、针灸骨伤系、医学技术系、卫生管理系、政治理论教学部、基础医学部、公共教学部、体育教学部、继续教育学院、国际教育学院、中专部、公共艺术教学部
2、南阳医学高等专科学校专业设置情况| 序号 | 专业大类 （代码） | 专业类 | 专业名称 | 学制 | 是否国控 | 专业设置时间 |
| 1 | 食品药品与粮食大类（59） | 药品制造类 | 药品生产技术（590202） | 3 | 否 | 2013年 |
| 2 | 食品药品管理 | 药品经营与管理 | 3 | 否 | 2011年 | |
| 类 | -590301 | |||||
| 3 | 电子信息大类（61） | 计算机类 | 计算机网络技术 | 3 | 否 | 2013年 |
| -610202 | ||||||
| 4 | 医药卫生大类（62） | 临床医学类 | 临床医学 | 3 | 是 | 2004年 |
| (620101k) | ||||||
| 5 | 临床医学类 | 口腔医学 | 3 | 是 | 2011年 | |
| (620102k) | ||||||
| 6 | 临床医学类 | 中医学 | 3 | 是 | 2007年 | |
| (620103k) | ||||||
| 7 | 临床医学类 | 中医骨伤 | 3 | 是 | 2007年 | |
| (620104k) | ||||||
| 8 | 临床医学类 | 针灸推拿 | 3 | 是 | 2007年 | |
| (620105k) | ||||||
| 9 | 护理类 | 护理 | 3 | 否 | 2004年 | |
| -620201 | ||||||
| 10 | 护理类 | 助产 | 3 | 否 | 2011年 | |
| -620202 | ||||||
| 11 | 药学类 | 药学 | 3 | 否 | 2004年 | |
| -620301 | ||||||
| 12 | 药学类 | 中药 | 3 | 否 | 2007年 | |
| -620302 | ||||||
| 13 | 医学技术类 | 医学检验技术 | 3 | 否 | 2009年 | |
| -620401 | ||||||
| 14 | 医学技术类 | 医学影像技术 | 3 | 否 | 2004年 | |
| -620403 | ||||||
| 15 | 医学技术类 | 眼视光技术 | 3 | 否 | 2009年 | |
| -620407 | ||||||
| 16 | 康复治疗类 | 康复治疗技术 | 3 | 否 | 2014年 | |
| -620501 | ||||||
| 17 | 卫生信息管理 | 卫生信息管理 | 3 | 否 | 2011年 | |
| 类 | -620604 | |||||
| 18 | 健康管理与促 | 中医养生保健 | 3 | 否 | 2017年 | |
| 进类 | -620803 | |||||
| 19 | 健康管理与促 | 老年保健与管理 | 3 | 否 | 2019年 | |
| 进类 | -620811 | |||||
| 20 | 公共管理与服务大类（69） | 公共服务类 | 社区康复 | 3 | 否 | 2019年 |
| -690304 | ||||||
| 21 | 公共服务类 | 幼儿发展与健康管理 | 3 | 否 | 2019年 | |
| -690306 |
来源于2020年南阳医学高等专科学校质量年度报告
3、南阳医学高等专科学校比较好的专业名单《高等职业教育创新发展行动计划（2015—2018 年）》项目认定骨干专业：医学影像技术、针灸推拿、中医学
中央财政支持的建设项目：中医学、护理
省级特色专业：临床医学、中医学、中药学、针灸推拿、护理、医学影像技术
省级教改试点专业：护理、医学影像技术
河南省高等学校专业综合改革试点专业：临床医学、中医学、护理、医学影像技术和助产
首批全国职业院校健康养老服务类试点专业：中医学
4、学校简介南阳医学高等专科学校（Nanyang Medical College），简称“南阳医专”，坐落于“中华医圣”张仲景的故里—南阳市，是一所以西医为主体、中医为特色、中西合璧、优势互补的省属全日制医学类普通高等专科学校。学校为河南省博士后研发基地。
南阳医学高等专科学校前身是创办于1951年的南阳卫校，2004年经国家教育部批准升格为南阳医学高等专科学校。2006 年，南阳市委、市政府对南阳医学教育资源进行整合，将南阳医学高等专科学校、南阳中医药学校（含南阳理工学院国医药系（原张仲景国医大学））、南阳市一职专委托南阳医专实行“五统一”（人、财、物、教学、行政管理）代管, 形成了以中西医兼优、医护药技康养管门类齐全的办学格局。学校至今已有 68 年办学历史和 30多年专科教育经历。建校以来，共为国家培养各类医疗卫生人才 15 万余人。
