如果真的合并，我觉得超过浙大还是很有希望的。
虽然合并的可能性几乎为零(毕竟现在还没有两所985大学合并的先例)，但是如果合并的话，我觉得两所大学会是查漏补缺的合并。
首先，纠正一个题目的错误。我觉得浙大现在已经坐不稳第三了。原因如下：
目前确实有些国内大学排名会把浙大排到第三，但是纵观世界前四的大学，浙大大多在复旦、上海交大之后，有时中科大也会超过。想要守住第三名，还是要进步空。
第二，先说浙大。
1998年9月15日，浙江大学由原浙江大学、杭州大学、浙江农业大学、浙江医科大学合并组建。现在已经合并20年了，浙大是一所综合性大学。大学的体量和招生规模真的很庞大，每年本科生5500人左右，研究生4500人，博士生1500人，共计11500人。浙大合并经过20年的发展，达到了1+1+1+1大于4的结果。是合并潮中最好的大学之一。
再次，我们来看看南京大学和东南大学。
南京大学一直是原配方，没有和任何学校合并，这在中国高校中比较少见。也是因为那里本身的底蕴，文理发展不错，所以是综合性大学。南京大学曾经远超浙大，现在发展落后，领导班子需要承担很大责任。
2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通学院合并，合并南京地质学校，组建新的东南大学。东南大学合并的时候学校都是低年级的学校，和浙大合并的学校完全没有可比性。不过几年发展下来，前几个弟弟都升职了，发展也不错。
第四，如果合并后
我要反驳那些说40 +40%白酒不能等于80%白酒的人，因为如果两个院合并，就不是40 +40，而是会有一定的质变。
从两所大学的现状来看，只有一个重叠的A-level学科，可以互补不足，也算是查漏补缺的合并。比如南京大学的计算机科学是a级学科，而东南大学的只是B级学科。这样的例子还有很多。请看下图。
另外，如果真的合并，想超越浙大，还是有很大希望的，目前差距很小。其他B级学科晋升A级学科的可能性很大。
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此外，南京大学近年来有所下滑。如果合并的话，南京大学的领导班子会被换掉。至于合并大学的名字，由国家决定。南南大学什么的纯属调侃，但是南京大学是首都，东南大学是南方，所以还是叫南京大学。
