首都医科大学开设的专业有:临床医学、儿科、口腔医学；本科专业包括临床医学、基础医学、口腔医学、儿科学、预防医学、精神病学、药学、临床药学、中医学、中医学、护理学、生物医学工程、假肢与矫形工程、康复治疗、听力语言康复、公共事业管理、法学、医学实验技术、医学检验技术、医学影像技术、信息管理与信息系统、视光学、卫生学。高等职业教育有护理、医学检验技术、药学等14个专业。学校培养医学及相关学科的学术型和应用型人才，形成了全方位、多层次、创新型的人才培养模式。
学校拥有国家重点学科8个，国家重点学科2个；60个国家临床重点专科；14个国家中医药管理局重点学科；北京市一级重点学科4个，北京市二级重点学科6个，北京市重点交叉学科1个，北京市高校学科群1个。临床医学、神经科学与行为、药理学与毒理学、免疫学、生物与生物化学、分子生物学与遗传学、普通社会科学等7个学科位居ESI学科世界前1‰，其中临床医学位居ESI学科世界前1‰，神经科学与行为、药理学与毒理学位居世界前5‰。
