黑龙江中医药大学开设中药学、中药学、中西医结合、药学四个博士后科研流动站，为全国一级专业，首批二级专业建设点。中医人才培养模式创新实验区是教育部首批创新实验区，中医临床人才培养模式创新实验区是黑龙江省创新实验区。在第四轮国家学科评估中，中医学科排名第一，中药学学科排名第四，成为全国三所获评“A+”的中医院校之一。学校拥有4个国家重点学科、21个国家中医药管理局重点学科、11个省级重点学科和18名省级领军人才。国家级教学团队3个，省级教学团队5个；国家精品课程8门，国家精品资源共享课程8门，省级精品课程22门，省级网络开放课程1门。学校先后两次获得全国优秀高等教育研究所称号，先后获得国家一等奖2项、二等奖7项、省级教学成果奖57项。实验中心是全国中医药院校确定的首批“国家级实验教学示范中心”；中医药博物馆被确定为黑龙江中医药博物馆；中医药文献检索中心被确定为中国中医药文献检索中心黑龙江分中心，是国家中医药管理局首批科技项目查新定点单位。
学校拥有1个教育部重点实验室、1个国家中医药管理局研究中心、3个重点实验室和10个三级实验室。黑龙江省重点实验室8个，黑龙江省普通高校重点实验室5个，黑龙江省校企合作工程技术中心2个。拥有科技部中医药国际科技合作基地1个、国家中医药管理局中医药国际科技合作基地1个、黑龙江省中医药国际科技合作基地1个、黑龙江省科技创新平台1个。目前是国家“973计划”项目首席科学家单位，先后获得各级科研项目3500项，其中国家973项目和课题5项，863项目1项，十三五国家重点研发计划1项。获得各级奖励1182项，其中国家技术发明二等奖1项，国家科技进步二等奖8项，吴阶平-保罗让桑医学药学2项，吴阶平医学创新奖1项，高校科研优秀成果奖2项，中国中西医结合学会科学技术一等奖4项， 中国中医药学会科技一等奖3项，黑龙江省科技一等奖14项，中国中医药研究促进会。 学校撰写的博士学位论文分别于2008年和2012年被教育部和国务院学位委员会授予“全国优秀博士学位论文”。学校教学科研设备总值3.7亿元，包括超导核磁共振谱仪、超高效液相色谱-质谱联用仪等一批大型精密仪器设备。在中药血清药物化学研究、天然中药药效物质基础研究等方面处于国际先进水平，在方剂配伍规律研究、针灸作用机理研究和中医药治疗内科、妇科、肾病等重大疾病的临床研究方面处于国内领先水平。
