重庆医药科技学校始建于1964年，为中国医药工业总公司(托拉斯)主管的“重庆医药工业勤工俭学中等专业学校”，在“文革”中停办。1979年经四川省重庆市革命委员会批准(川革〔1979〕28号)恢复办学，定名为“重庆医学技术学校”。1985年2月，经重庆市人民政府批准(渝府函[1985]21号文)，在重庆市医学技术学校的基础上，成立成人中专，定名为“重庆医药职工中等专业学校”。2000年1月，经重庆市教育委员会批准(渝教函[2000]11号)，更名为“重庆医学科技学校”，专门从事医学教育和技术培训。同年，学校划归重庆美国食品药品监督管理局管理。2006年4月，经重庆市机构编制委员会批准(边宇[2006]22号文)，纳入市级事业单位管理。打着重庆市美国食品药品监督管理局教育培训中心的牌子，是重庆市美国食品药品监督管理局直属的科级事业单位，核定编制29名，经费渠道为财政全额拨款。
重庆医学科技学校、重庆美国食品药品监督管理局教育培训中心是经重庆市人民政府批准成立，由重庆美国食品药品监督管理局主管的，专门从事食品药品类专业职业教育培训的高级学校。负责培养食品药品行业中高级技能人才，组织全市食品药品监管系统干部培训和食品药品专业技术培训。
改革开放以来，在上级部门的关心下，学校在办学规模、办学条件、教学水平、教学形式等方面都有了很大的发展。以重庆医学科技学校为主体，先后建立了“重庆广播电视大学食品与医学学院”和“沈阳药科大学继续教育学院重庆函授教学点”。从单一的技术教育向技术教育、中专、大专、本科教育全面发展；从单纯的学历教育到学历教育、干部培训、社会培训；从单纯的传统教学方式到多媒体教学和远程教学方式的应用，学校已成为重庆市食品药品专业职业教育的重要力量，是重庆市食品药品监管系统干部和食品药品从业人员培训的主要机构。50年来，为重庆培养和输送大中专、技校毕业生2万多人，参加学校组织的干部培训和专业技术培训5万多人。
学校坚持依法治校、以德治校的办学理念，倡导“德育为先、成人为先”的教育理念，注重通过“学会做人、学会做事、学会相处、学会求知”来培养学生适应社会、发展自我的能力。积极探索教育改革，努力寻找适应新时期职业教育和干部培训的科学方法。
学校坚持“以就业为导向，以能力为本位”的素质教育理念，既注重学生素质的全面提高，又注重学生个性的发展。坚持专业知识学习和实践技能训练相结合，利用学校图书馆、计算机房、多媒体教室、实验室、实训室和合作企业的生产经营场所，全方位、多渠道满足学生专业技能学习和培训需求。毕业生就业率达到100%，受到用人单位和社会各界的一致好评。
