制药工程系是最年轻的系，有30多名专兼职教师。工学部重点建设专业为“药品生产技术专业”和“药品服务与管理专业”。2020年制药工程系新增招生专业“中药生产与加工”。中药生产与加工专业是响应国家大健康理念而开设的，是目前重庆市唯一开设该专业的高职院校。
重庆化工职业技术学院制药工程系专业及实训基地介绍
重庆化工职业学院制药工程系重点专业开设的核心专业课程:无机化学、有机化学、物理化学、生物化学、药物化学、药理学、药剂学、药物分析、药事管理、制药工艺学、医药营销、制药工程等。
重庆化工职业学院制药工程系非常重视学生的实践教学，制药工程系实训基地项目是重庆市资助的重点建设项目——“市级实训基地”。“市级实训基地”主要包括小型片剂生产线、小型液体口服液灌装生产线、药品质量控制和药物合成实训室。
重庆化工职业学院制药工程系的培养目标是培养拥护党的基本路线，适应现代工业生产、建设、管理和服务的一线员工。通过三年的学习，使学生德、智、体、美全面发展，具有良好的化学药物生产工艺基础知识、实验操作技能和应用技能。具有化学药品生产和管理的专业能力，能完全适应药品生产、药品分析检验、市场营销和管理工作。具有社会责任感、创新能力和可持续发展能力的高素质技术型和技能型医药行业专业人才。
