现在的重庆市农业机械化学校是原重庆市第二农业学校和原重庆市农业机械化学校的整合。2007年12月，为整合农业职业教育资源，在市委常委、常务副市长马正其的领导下，经过实地调研和多方论证，重庆市人民政府作出决定，将两所功能相近、实力相当的农业中等职业学校——原重庆市第二农业学校和原重庆市农业机械化学校两所国家级重点中专学校合并，组建一所起点更高、规模更大的农业职业学校——重庆市农业机械化学校。现任总裁彭勇是一位模范党委书记。
重庆农业机械化学校，原名四川省江津农业机械化学校，1977年8月经四川省人民政府批准成立。校址位于永川中山大道东段168号。校园占地2.8亩，教职工10余人，学生约100人。第一任校长王，受四川省农机局和江津地区行政公署双重领导。1981年，江津地区更名为永川地区后，学校也更名为“四川省永川农业机械化学校”，学校性质和隶属关系不变；1983年，永川划归重庆后，学校更名为“重庆市农业机械化学校”，隶属重庆市农机局和水电局。2000年12月，重庆市教委和重庆市编委同意学校增设“重庆机电工业学校”。
重庆市农业机械化学校从1977年建校到2007年的30年间，学校发生了很大的变化，占地133亩，学生4000余人，教职工220人。学校被评为全国重点中等职业学校、重庆市文明单位，成为中澳职业教育合作伙伴学校。
原重庆市第二农业学校创建于1958年8月，前身为四川省江津农业学校。由四川省重庆市农业学校江津地区的303名学生和20名教职工分配，因此于2008年8月8日成立。学校位于江津市东门外的武城山。学校受四川省农业厅、江津区委和行署双重领导，首任校长赵。
1963年，学校名称改为“四川省江津农业学校”，隶属关系不变。1966年7月至1968年12月，由于文化大革命的干扰，学校停办；这所学校从1969年到1973年关闭。1972年5月，学校成立江津农业学校革命委员会。1970年4月，江津长风机械厂以农校停办为由，要求将农校占用的土地处置给工厂。农校军管队与长风厂几经协商，决定将农校校舍及土地以21万元的价格出售给长风机械厂。至今，农校名存实亡，教职员工及家属暂居江津区卫校。
1973年，江津区革委会通知，农校立即复课。2008年11月，校领导先后到黄瓜山“五七”干校、江津尤溪农场、荣昌种畜场、合川同溪农场、永川第三堂区、永川庆丰农场等地选址，均被拒绝。最终选定永川南街小桥子92号作为新校址，建设新校区。1974年，撤销江津农业学校革命委员会，恢复四川省江津农业学校名称。张中雨被任命为校长。1981年，江津地区更名为永川地区，故校名改为“四川省永川农业学校”。1983年，国务院决定将永川地区划归重庆市管辖，学校名称改为“重庆永川农业学校”。1985年，学校更名为“重庆市第二农业学校”。
从1985年到2007年，重庆市第二农业学校发展迅速。到2007年，学校有2000多名学生和200多名教职员工。学校被授予全国重点中等职业学校、农业部职业技能培训基地、重庆市最佳文明单位等荣誉称号。
2007年12月，重庆市人民政府副秘书长夏祖相带领重庆市农机局、重庆市农业局、重庆市教委等部门在永川区公安局会议室，召集原重庆市第二农业学校、原重庆市农业机械化学校全体教职工，代表重庆市人民政府宣布了两校整体合并的决定。合并后的学校命名为重庆市农业机械化学校，隶属重庆市农机局主管，同时宣布任命彭勇为。2008年，因为重庆市农办、重庆市农机局、重庆市农业局合并组建重庆市农委，学校的隶属关系成为重庆市农委领导。2009年，根据重庆市政府关于做大做强农业职业教育的指示，学校选址建设新校区。经过学校选址检查组的反复筛选和综合考虑，最终确定新校址选在永川区兴隆大道2号，征地853亩，学校整体搬迁。新校区于2010年10月开工建设，并举行了简短的奠基仪式。经过不到一年的努力，2011年8月一期工程竣工，2011年8月26日学校搬迁。二期工程将于2012年底完工，预计整个工程将于2013年完工。
搬到新校区后，学校迎来了新一轮的大发展，实现了战略转型。2011年招生4264人，2012年招生4000人。学校有一万多名学生。2011年，学校成为国家示范性中等职业学校建设单位，其党政班子连续四年获得年度考核第一名。学校成为重庆农业系统排头兵、全国职业教育“明星学校”、永川职教城“形象代言人”。中央和全国各地的游客络绎不绝。学校正在加紧二、三期建设工程，蓬勃发展的新校区与神女湖、王献公园融为一体，屹立在成渝高速公路永川路口，以海纳百川的精神向五湖四海的朋友微笑，积极创造条件申办高职院校。学校努力打造最美职业学院。
