重庆市第二批共有14所高校招生参与重庆市二本院校理科排名，其中重庆医科大学排名第一，西南政法大学排名第二，重庆工商大学排名第三。
以下是2016年重庆二本大学具体名单，按照二本理科平均分排名，其中有一所大学部分专业在二本招生。
| 学校名称 | 录取线差异 | 省市分数 | 平均录取分数 | 一个重庆医科大学 | 61 | 57(第二批) | 588 | 2西南政法大学 | 48 | 57(第二批) | 575 | 三重庆工商大学 | 40 | 57(第二批) | 567 | 四四川外国语大学 | 40 | 57(第二批) | 567 | 五重庆理工大学 | 39 | 57(第二批) | 566 | 六重庆师范大学 | 36 | 57(第二批) | 563 | 七重庆交通大学 | 36 | 57(第二批) | 563 | 八重庆科技学院 | 30 | 57(第二批) | 557 | 九四川美术学院 | 27 | 57(第二批) | 554 | 10重庆李文学院 | 23 | 57(第二批) | 550 | 11重庆警察学院 | 22 | 57(第二批) | 549 | 12重庆三峡大学 | 13 | 57(第二批) | 540 | 13重庆教育学院 | 12 | 57(第二批) | 539 | 14长江师范学院 | 12 | 57(第二批) | 539 |
