新疆大学和长安大学虽然都位于西北地区，但是从建校史上来看，新疆大学很显然更为悠久。长安大学是解放后建立的高校；而新疆大学则在解放前就已经有了基础，后来以新疆学院的基础建立了新疆大学。新疆大学和长安大学虽然都是全国性大学，不过新疆大学是世界一流大学建设高校；而长安大学则是世界一流学科建设高校。
新疆大学原本是以文理为主的综合性大学，后来合并了新疆工学院之后，才有了工科实力。而新疆工学院的前身则是乌鲁木齐矿业学校，这家学校创建于1953年。当时中苏关系相对紧密，苏联援建了中国大批项目，主要落户在内地，新疆则是以合作公司的形式援建。当时中苏在平等互利的原则下，建立三大公司，中苏石油股份公司、中苏民用航空股份公司和中苏有色金属股份公司。中苏有色金属股份公司，主要经营范围就是新疆，为了持续开发新疆有色金属，必须培养相关人才，这才成立这所矿业学校。
新疆大学在马列、数学、理论经济学、中文、化学、化工、计算机方面实力较强。化学和化工主要得益于前文提到的新疆工学院，工科方面还有机械、电气、软件等，都来自新疆工学院的贡献。新疆工学院曾经长期隶属冶金部，在冶金矿业方面实力较强。上个世纪六十年代加速偿还苏联欠债，新疆做出了巨大贡献，可可托海矿区展开了“保出口大会战”，每天工作10多个小时，最终完成了下达的指标，这其中不乏新疆大学毕业生。
长安大学是解放后成立的一所以公路为主的高校，后期逐渐扩展到路桥为主，机械等工科为辅的多学科综合性大学。虽然学校整体实力较强，而且也培养了不少优秀毕业生，但是学校近些年发展的并不是很快，同新疆大学相比，发展速度上要慢一些，在西北的影响力也要比新疆大学弱一些，因此整体上也要比新疆大学差一些。
