南华大学和吉首大学都位于湖南省地级单位，而且两所学校都属于综合性大学，都是以合并院校起家的高校，相同点颇多。尤其是在医学领域更是如此，无论是南华大学，还是吉首大学，本身并没有医学相关专业，都是经过合并其他学校而创立的自身医学教研系统。
吉首大学医学基础主要来自湖南医学院湘西分院和吉首卫生学校，虽然早在1978年就被合入，但是学校的底子太薄，使得学校发展建设多年，只是建立了完整的学科基础，并没有完全建成初、中、高的医学教研体系。这个致命伤，使得吉首大学医学院整体实力始终没有得到大幅提升。这主要是因为吉首经济相对薄弱，引入人才和设备相对困难所致。
南华大学医学基础主要来自衡阳医学院，虽然衡阳医学院早在1956年就已经成立，但是办学极其坎坷，向后两次停办，两次复建，使得学校基础建设并不佳。但是衡阳市早期属于核工业基地，对医学人才需求较大，因此这所学校得到了一定的支持，所以始终能复建，能获得优势资源，因此学校实力提升的也比较快，相对教研设备也更齐全一些。
整体来看，南华大学衡阳医学院的实力胜过吉首大学医学院一些。这主要是因为衡阳作为核工业基地，曾经也富裕过，对医学投入也相对大一些，学校基础和建校班底实力更强一些。而吉首大学位于少数民族地区，早期人才引进和项目引入方面略显不足，使得吉首大学医学院整体建设赶不上南华大学衡阳医学院，从而拉开了两校的医学差距。
