但是当时我并没有拿到毕业证，请问一下这种安排是否违反了劳动法

我是今年的毕业生，我在2020的学校招聘中在与成都市中铁二局六公司签署了三方协议。在今年的7月12号开始报道，但是当时我并没有拿到毕业证，我询问了公司，他们给我的答复是等拿到毕业证之后再报道，我于2021年7月15日拿到毕业证顺利毕业，于同月17日去成都报道，经过几天培训之后签订了劳动合同。在2021年7月21日分配去了项目，项目地址在南昌，几天之后我准备申请离职，当我询问了公司的人力部门他们给我的答复是我还没有正式入职，现在离职要交三方上约定的违约金5000元和劳动合同上的培训费3000元，我还可以是一个应届生身份，还有无法报销到公司报道的交通费以及从公司去项目的交通费。请问一下这种安排是否违反了劳动法？