我实习期间第一个月工资两千，在个人所得税APP上查询到工资4000

你好，一般情况，个人所得税是单位统一缴纳的，也就是单位统一从员工工资里扣除个人所得是，到税务部门统一缴纳的。但有时候税务系统出问题亦或是单位财务出了差错，个人所得税就需要员工本人去缴纳。