假如母线充电保护有一段母线故障,母联断路器如何工作?跳哪一个断路器?

从你介绍的情况,你说的应该是双母线或单母分段的接线方式。
一般来说母线充电保护只有在向备用母线充电或带一条线路、一台变压器充电时才会启用。此时,如果充到故障母线上,充电保护启动,母联开关会跳闸,切除故障。无故障侧母线仍可继续运行。
因为不知道你们母线的具体接线和保护配备情况,也不清楚你所指的充电保护启用的具体原因,所以我的解答仅供参考。