土地使用证纠纷问题

我的一个朋友3年前经县发改部门批准占用200亩山地办养殖场，但是没有在土地部门办理好土地使用证。现在土地部门说这块山地是耕地，这个朋友是非法侵占了耕地，要负法律责任。请教律师几个问题：一是发改部门办了手续，而土地部门没有办理土地使用手续，是否属于违法？二是山地与耕地的区别在哪里？如何判断是耕地还是山地？三是如何处理好这个事情？