他们提出的在合同中约束著作权有法律效力吗

你必须要保证著作权是所有的,不然可能会侵害到他人的权益

一、其它回答如李律师。二、补充如下：1、软件开发企业的税收优惠主要包括增值税即征即退、企业所得税优惠两个方面。如果贵公司保留著作权，从而可以被认定为软件开发企业资格，也可享受上述税收优惠。建议贵司核算保留和不保留软件开发企业资格两种情形，对贵司的利润影响，以评估是否保留著作权。2、若将著作权所有人登记为对方公司，而在合作合同中约定贵司为实际著作权所有人，对贵司存在风险：如，对方公司可与第三方签订著作权使用许可合同或转让合同，可导致贵司利益的丧失。3、鉴于本案关系较为复杂，如果涉及标的较大，建议聘请律师处理为佳。

在法律是可以的，因为软件著作权的登记只能是著作权权属的初步证明，如果有其他证据是可以推翻的。你们在合作合同中约定著作权的归属肯定有法律效力，如果将来有了纠纷，这个合同可以解决问题。注意订立合同的时间要早于软件登记的时间，开发软件的证据也要保管好。

可以，这样约定有法律效力。

是可以进行协议约定的。