我该怎么付违约金?

我当时是准备用公积金付首付(七万五)的,但公积金只能先交清首付办好相关手续才可以领出来.开发商建议我们先叫三万,剩下的首付款四万五就写欠条,他们就直接帮我们办手续(签购房合同,备案,开了不动产发票),等领到公积金再把钱付清.这套房是打算按揭的, 但是在付款方式那里却写的是一次性付款(签合同时对此有疑问,售楼小姐告诉我办公积金的都是这样写的),所以现在开发商要求我们用按总房款减掉我们付的三万乘百分之五来付违约金.我觉得就算付违约金的话也应该减掉一开发票的七万五对吗?