追索超标准多收款项

您好！我司是一家货运企业，与一家外资企业合作有三四年了，每个月我司都会开结账单给这家外企，结账单中有一项代垫项目我司一直有按收费标准预估，最近发现，此收费标准所收的费用已经在五年前就取消了。对此，此外资公司向我司索要这几年的多收部分。因为当时每张发票都有他们公司的业务专员进行确认，也从来没有过疑问。我想问的是这样的追索是否合理合法，我司要退还多收的费用吗，然后他们已经为了这多收的部分扣了我司两个月的货款，这样的做法是不是违法？请告知，谢谢！