公司部门科长和房东签定的附属协议有没有法律效益，公司法人只是口头上指派科长去执行的，

你说的情况，公司科长应该为职务行为，应代表公司行使权利和承担义务。但严格的将，其代表公司从事与公司相关的活动，应该有明确的授权委托书或单位在相关协议上盖章，否则，一旦发生纠纷，得不到公司的确认，其从事的活动应为个人行为。同时还要结合签订协议的用途，是否用于公司等情况确定。

你说的情况，公司科长应该为职务行为，应代表公司行使权利和承担义务。但严格的将，其代表公司从事与公司相关的活动，应该有明确的授权委托书或单位在相关协议上盖章，否则，一旦发生纠纷，得不到公司的确认，其从事的活动应为个人行为。同时还要结合签订协议的用途，是否用于公司等情况确定。

要看部门科长去签字时，有没有出示授权委托书之类能代表公司的证明，否则就不能代表公司，协议对公司来说是无效的。

如果能证明公司法人指派科长去签的协议，当然由公司承担

你情况叙述的不是很清楚，方便的话可以电话联系

有效的，视为表见代理。

应当有效，是表见代理