故实行内部承包

集资办厂初效益不好，故实行内部承包。甲为发包方，乙为承包方。承包数年后，效益大好。甲方不愿继续实行承包，欲共同经营。那么这期间乙方所产生利润及厂房扩建投资当如何处理？能否都算入股份中？双方股份又当如何确定？