公司扣押了我的毕业证和户籍不还可以吗

我04年毕业后到一家国企建筑公司上班.首先我们到了总公司报到,等待分配,期间总公司收了我们的户籍,档案和身份证,说很快会发放新办的身份证给我们,可是一年之后我没有得到身份证.另外当时和分公司签订的合同是6年,试用期一年(04年7月1日到05年7月1日).刚到分公司的时候,分公司给了我们每人一万元的安家费,但是收了我们的毕业证书(我手里现在有公司开具的今收到毕业证书字样证明). 因工作艰苦和工资低,05年6月29日我向项目经理口头提出辞职.他口头同意.我交接工作后7月2日离开公司.没有拿到毕业证和身份证以及户籍资料.当时没有钱交给公司所谓的违约金. 但是,现在我想办理这件事了,公司计算之后包括违约金,退还安家费,户籍档案保管费共约50000元.请问公司的做法合理吗?我应该交钱吗?合理的费用应该是多少?或者我能要求他们赔偿吗? 另外,在法律修订之前发生的事情,在法律修订之后起诉,法院到底依据新的还是旧的法律裁定? 非常感谢!