说加班费只给我们500日元小时连最低基本工资638都没达到，请问一下如果我在日本为自己讨回公道那么大连的公司有权利扣我的行为保证金吗

我于06年在大连的劳务公司办理出国，当时在公司签订的合同是出国3年，办理的费用是3。5万人民币加2万行为保证金，另外在日本的3年里交齐60万日元行为保证金和24万日元的管理费。第一年一周工作48小时，月薪6万日元，加班另算，第二年开始是日本当地的基本工资，加班是基本工资的1。25倍。来日之后日方允许工作一周40小时工资6万/月，因为这事我们找中方理论，但是结果是尊重日方规定为结局。第二年的合同协议签完之后日方老板后悔了，说加班费只给我们500日元/小时连最低基本工资638都没达到，后来我从朋友那里知道日方这样做不和法，我可以通过日本的劳动基准署给自己讨回公道，但是我又担心回国以后我的行为保证金受到损失，所以想请问一下如果我在日本为自己讨回公道那么大连的公司有权利扣我的行为保证金吗？另外我觉得大连的公司没有为我们办理出国的资格，那么我能否通过法律途径讨回我办理出国的费用，因为我从大连公司走前签的是水产加工，但是来到日本做的是服务行业（在饭店后厨帮厨），日本有规定，服务行业不允许招取研修生。以上，期盼答复，谢谢。