这份在我辞职后才申请下执照签的合同生效吗

我在3月是在一家培训学校工作，后来学校送我到北京总部进行“记忆法”的培训，回来后与学校签订合同，规定服务期为两年，中途离开就赔偿违约金一万元，（我从未看到过总部给她的培训费用收据，而且签合同时还没有营业执照直到我已经辞职后才申请到执照） 在十月份时，由于一些原因我不能在那工作，就辞职了，但是老板要求我按合同赔偿一万元的违约金，并把所有在总部发的培训资料以及回来后我写的教案一并上交。我已经当老板的面把教案放在抽屉里后再没去过学校，后来教案少了一本，老板就说我泄露商业机密，要负责。我的一份资料在工作时已经丢失，老板一定要我上交，我只好拿同事的复印一份给她，现在她就拿这份资料说事儿，而且以此为由不给我的同事发工资，还要求我解决这些问题就给同事发工资，于是就影响同事的情绪不想再工作，老板又认为同事不想工作给她带来的损失完全由我承担。 我想问各位律师，这份在我辞职后才申请下执照签的合同生效吗？教案丢失是我的责任吗？他不给我同事发工资以及同事不工作带来的损失都要由我承担吗？我同事怎样才能要回工资？