此协议有法律效应吗

我在某建筑公司工程施工处接到附属安装水电大包工程，接到此工程后我转交一个朋友来实施此工程的具体事物。由我出资，他来具体实施。我在与他签订的合作协议书中明确的注明了在此工程中留有5%的管理费作为我的工程管理费用。但是工程决算后我给付的工程款也超出约5万多付给了我的合作伙伴，还有此工程完工后要留有5%的质保金也没有留住。请问我该怎么办？谢谢。