二手房交易过程中产生纠纷，我该怎么办！sos

2008年9月底通过中介和房东签了定金协议（约定最迟过户时间为09年3月30日），当时房东的房产证因丢失正在补办当中。我们看到了他从房管局开的补办后手续的资料。因当时从中介和房东那了解到房子是单位房（的确是单位的家属院），以我们以往看房的经验以及中介的介绍，认为单位房是没有营业税的，但有土地出让金。在这种情况下我们签的定金协议中有一条说过户所产生的费用有我方承担，另外还有一条是我方过户要承担的费用有土地出让金、交易服务费、契税。现在房东的整补办下来了，核档的时候发现是商品房，有营业税。房东不愿意出这笔钱，但是在合同上没有对这笔钱明确的说明。按国家政策的话应该是房东付。但是他现在不愿意出，而且还强调他当时给我们说有税的（不过中介可以给我们作证）。现在正在协商之中，如果房东一直不配合把这个事情一直拖着我该怎么办，我想了解诉讼时限的问题，我是不是等到09年3月30日还没解决这个问题就可以起诉？或者还有什么要注意的问题。谢谢！