一个店铺：A和B是实际经营者，C是工商登记人

不可以，只能以C的名义起诉。C与A、B的关系你们自己内部处理。

如果是欠店铺的款，应该是C以个体工商户的名义起诉D。

应当以c的名义起诉

合伙人都是当事人。

因为C是店铺的工商登记人，对外代表店铺，是店铺权利义务的承担者，D欠店铺钱一万元，C、D之间是债权债务关系，因此A要向D主张债权，则应以C的名义向D主张，为此A应取得C的授权。