《协议书》是否合法有效

2003年7月本人加入中山市**有限公司； 2004年和2005年本人通过了国家职称英语B级考试和计算机五个模块的统考。 2006年8月向中山市人事局提交中级资格评审的资料时，公司人事部负责人表示如果不签下一份《协议书》就不给递交资料上去，9月1日本人被迫签下该协议。 2006年9月30日，本人离职。 2006年12月30日中级职称证下发到中山市人事局，人事局通知公司去取。之后一直留存在公司。 在2006年至今我多次找公司协商取回该证。公司以协议书作要挟，不退证书。 于是2008年10月28日我投诉到中山市石岐区劳动与社会保障局信访部，11月4日三方会面，劳动局出面调解，11月10日得到公司的答复，不同意退还证件，除非按《协议书》要求赔偿1000元给公司，或者按《协议书》要求留存该证书满叁年，或者仲裁。 于是我近期准备提起劳动仲裁。仲裁前，我需要咨询您几个问题（标题）。