关于土地征用拆迁补偿

您好！这件事是关于我父亲工厂的事。[许多年前，我父亲和另外两个朋友共同出资买了一间工厂。在其间，因为某中原因，三人分隔了那间厂房。那间厂房是跟居委会购买的，没有房产证。在签协议书与分隔时，就请了居委会书记当见证人。]那时他们三个就平均分隔门面，中间，后面的地，做为工作地方。到今年，那一片的住房与厂房全都要拆迁。拆迁办给予了一定数额的赔偿，就在此时，拥有门面的那一方想要独吞门面的赔偿金额。因为门面的金额比门内的金额多了百分之二十。我父亲去拆迁办领赔偿金时，遇到了这样的情况。我父亲和另外的[中间厂地的拥有者]就没有签名。而门面的那一方已经先签名了，因为没有三方的签名是拿不到赔偿金的。所以门面的那一方可能会把我父亲推上法院[还有听我母亲说以前那间厂房的使用证，是拥有门面那个人签名的。因在当时，周边的许多厂房都是多人共同出资购买的，而签名也只是派了一个比较能当头的人去签。所以现在厂房的都搬空了，别人领到了赔偿金。而我父亲却因为早年的分隔事件而被纠缠着]。我是想请问一下，如要上法庭，我们需要准备哪些资料，还有的是协议书是否对我方很不利？谢谢