面对公司的霸王条款，我该怎么办

我去年在学校签了一家吉林省的国企，当时觉得自己很幸运，可是去了之后才发现不太理想，就业协议的违约金就是一万元，当时拿不出，想等有了一定经济基础后宁可拿违约金了然后辞职，去年十二月份和单位签了劳动合同，签的时候发现合同写的很专业我基本看不懂，单位就催着我们快点签，合同是五年，签完后才发现这合同不对，别的单位是一式三份的，我们的只签了两份，而且全放在公司了，老实说，由于刚到公司的缘故也没敢多问，而且公司还把我的毕业证学位证也扣押了，由于考研报名时要毕业证，我就去和人事部要毕业证，他们直接就拒绝了我，直接问我“你想考研吧？这是不允许的！”我当时就有一种上了贼船的感觉，还和我说你就是拿五万违约金都不一定能走！难道我买给他们了不成？！我感觉特别无助，连考研报名都允许，太霸道了！而且就算我辞职了单位也有权扣我档案，我该怎办呀？