买下厂的到底是不是主人

现有的厂房因土地征用的可能性比较大，因而提早在他处建立了新厂房，因规模的关系，原先的总厂变成了分厂，新盖的就变总厂了。随后将分厂被个人买入，土地证上的名字也成了买主的名字。但因新厂的效益不好，自生产以来一路亏损，后来被逼无奈把分厂的土地证给抵押了银行，（也许里面还有什么藕断丝连的关系！）请问难道个人买的厂就这么没有自主权吗？？