买的二手房，划拨土地，土地证过户费用很高啊，不过户有什么不良后果吗

我父亲去年买了一个二手房，划拨土地的，土地证一直没有过户，土管局说停止了，今年5月提交了手续，最近土管局来人评估，说要大概缴纳3000-4000的土地出让金。 我在2004年也是买的这种类型的房子，当时土地证过户没有交这么多钱啊，请问这是怎么回事，这种收费有什么依据吗，如果土地证不过户会有什么不良后果吗？