我是否要交违约金

我去年大学毕业签了深圳的一家民营企业，合同中规定工作时间为三年，试用期三个月，公司给办理深圳户口，如果不满三年辞职要交违约金两万。我工作了一个月就离职了，现在考上了研究生要调档案，需要公司的离职证明，可是我应该交两万违约金吗？劳动法规定试用期辞职不用交的，而且公司并没有按合同所写的给我办理深圳户口。糟糕的是现在合同不在我手里，公司收上去盖章以后没发下来我就走了。请问各位律师，我现在这种情况可以申请劳动仲裁吗？我的劳动关系到底解除了吗？我该怎么利用法律保护我自己呢？