关于劳动纠纷违约金

我是05年12月入职的原来的公司，先签了一年合同，后又签订了两年的合同，合同终止日期是08年的10月份。我于07年10月提出的辞职，但在原来的合同中有劳动者如果未到期提出辞职的要赔偿给公司一个月的工资作为违约金的条款，另外还有以前一个月扣一百扣满一千的质保金，规定质保金半年之后才能领取。现在已经过去了半年多，我去领取，原公司说由于我辞职当月的工资较少（因我请了半个月左右的假），质保金作为违约金被扣了，也就是说我接近一个月的工资及1000元的质保金都拿不到了，请问我该怎么办？这样的情况合法吗？我是否可以申请劳动仲裁呢？这是按以前的劳动法走的吗？申请劳动仲裁的话，我能要到钱的机率有多少呢？请各位律师帮忙解答，谢谢！