请问这样合法吗

我是一名船员我05年跟公司签订的劳动合同，签订合同当天我就被派到一条跑国际航线的船上，所以合同我也没有拿到手，公司经理让我在上面签的字，一年以后我休假回家要回合同但上面签订的年限是8年，当时在学校的时候口头约定是5年请问这样合法吗，还有在这一年当中公司也没有给我缴纳养老保险等等，工资也并不是按时发放，直到07年一月份公司才给缴纳的养老保险，但是没有给我缴纳住房公积金，我的所有证件（适任证书，护照，培训合格证书）等都在公司，现我想解除合同公司要求支付违约金，公司这样是不是叫扣押我的证件，我需不需要支付违约金吗？我的所有培训费用都是我在学校的时候自己承担的。