公司这样扣我的钱合法吗

我和公司开车签了张<安全责任书>最后面一条是这样写的 发生事故后乙方承担甲方经济损失的10% .是独立签的劳动合同里没有的. 一次上班时间发生交通事故我负了重伤.事后交警认定我负次要责任30%,出院后公司和我做了2份伤残鉴定,一份是交警一份是劳动局的,但公司不给我看伤残鉴定是几级,工伤认定书也不给我,交警的那份伤残鉴定书后来在交警那里我看到了是10级.劳动局那里我过去问过说工伤认定书和伤残鉴定书都给公司拿走了叫我去问公司要.我去公司问了几次要工伤认定书和伤残鉴定书公司都不给我.后来在交警的调解对方和公司付我9万并签了协议.公司还私下和我商量口头说给我3万误工费（就是受伤到出院时的工资）叫我放弃工伤索赔. 我多次问公司什么时候付我钱公司总是以各种借口推脱,现在5个月过去了公司突然拿出以前和我签的<安全责任书>说要我赔偿公司的损失依此为由扣起了所有的钱一分钱也不给我,和我说如果我起诉公司就会反诉要我赔12万. 现在我想到法院起诉和申请劳动仲裁但申请劳动仲裁过了时效,我该怎么办. 我问过几个律师有的说<安全责任书>是加重劳动者负担是无效的叫我去法院起诉,有的说有效叫我不要去法院了不然连律师费都亏了. 请大家给我出个主意要不要起诉公司,如果起诉公司是不是真的连律师费都亏了. 在交警那里签的调解协议上最后面这样写的 经经济赔偿后双方互不追究,公司,我和事故对方都在上面签了字按了指摸. 现在公司还拿那份安全责任书要我赔偿合理吗?