学生就业三方协议与劳动合同法有矛盾

学生读大四，毕业前与某公司、就读学校签订了就业的三方协议，规定：取得毕业证后去该公司就业，时限为两年，月薪2000元等条件；又规定不到两年中途离职，该学生赔两年工资作为违约金。按法规，正式就业时要签劳动合同的，劳动合同法规定：用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金（有培训费与保密义务的除外）。请教律师： 该同学正式就业后，按劳动合同法规定“提前三十日以书面形式通知用人单位，解除劳动合同”时，是否需要支付三方协议中规定的两年工资总和的违约金？