不知道该怎么分?

我和我朋友01年在一起,02年12月生了个女孩子,04年4月18日补了份结婚证,但是那结婚证是我父亲在我们老家另外的乡民证所托人办的(当时还没有实行统一到县民政局办证),也就是没有在我们双方的户口所在地办的证，当时办这证是为了应付在外面打工检查。07年1月18日我们生了第2个男孩子。现在因为家庭的种种原因，我想分开，我们分开生活1年了，小孩子一直由我父母带，但是不知道以什么方式提出？我看过报纸的1个案例：也是因为父亲代办证，最后法院认为是无效的婚姻，按非婚先育分手，协商了小孩子的问题。 还有就是我想2个孩子我全部抚养不知道是否可以，我也不需要她的抚养费，因为她没有固定的工作，没有经济来源，我们在一起也没有买房，并且可以给与她一定的经济补偿。 不知道是以离婚起诉还是以解决抚养问题起诉？谢谢！！