公司收取大数额违约金是否合法

请教一下。 2005年7月我与一民营企业签订6年合同2011年合同期满，至今工作2年半，但因种种问题自己想要辞职，新应聘的公司要求开具离职证明，于是我08年01月25日提出书面辞职书，人事主管说要公司领导批准才能开始办理离职手续，而且要赔偿合同内要求的违约金（包括交通费、学历教育费用、考试费、国内和出国培训费用等培训学费、培训考察费，甲方内部培训的专用费用，参加多次培训，按各次培训费用之和）。工作期间每周二早我参加部门培训，其实就是一般的会议如部署部门工作及近期公司的生产情况通报等，此外未参加任何培训，但违约金达到7000元。2月1日工作交接完毕后我找人事部科长沟通，他同意我先回家等消息，到今日08年02月10日离职手续尚未开始办理，离职证明要在缴纳违约金后所有手续办完最后才能开具，档案也不给，而没有离职证明我就无法到新公司报道。请问： 1. 该公司这种举动是否合法？ 2. 对于这种08年前续存的合同是否适用新的劳动合同法中相关离职的规定？ 3. 这么多的违约金是否依法应该赔偿？ 4. 我该如何应对？ 谢谢！