单位这样做是否合法吗

可以辞职，但必须给你补偿金，而且软件也不能给单位，那是你自己的劳动成果，和单位没有关系，也不是单位分配给你的任务。

本问题的关键在于确定你所做的“常用软件”是否属于职务技术成果，如果是，即使辞职也应该交还单位，否则将构成侵占；如果不是，当然不应交还单位，单位以此为由强行辞退你是违法行为，你可以通过劳动仲裁维护权利。就你所介绍的情况来看，你仅仅是为了使自己的工作方便，自行研发了该软件，做为设计工具。该软件开发工作即不是你的本职工作，也不是单位交办给你的临时工作任务。因此，根据相关规定，该软件应当属于非职务技术成果。因此，你既不应辞职，也不应交给单位该软件。如有疑问，可致函chenj@cnip。cn陈静律师

[补充一点：软件版权登记时并不必须提交全部源程序；即使提交了，相应的登记部门也负有保密责任。不大会出现泄密的状况。陈静律师

具体我不知道你的软件是什么东西，如果可以申请知识产权保护，建议你早点申请保护例如专利，版权等等。

我的软件是工程设计软件，虽然可以申请知识产权保护，但我听说申请时要提交源程序，因此很难保证不被窃取。