请问法院能这样调查我公司吗

我公司建设工程承包给一家建筑公司，由于这家建筑公司的总公司与其他公司有债务问题被其他公司告上法院，可是其当地法院在我公司毫不知情的情况下对我公司的开户银行进行了调查并且在我开户行打走了我公司的银行对帐单。并且要求我公司对给建筑公司付款时要扣留相当于他们要追缴的金额部分等待他们的处理。请问他们这样做对我公司来说合不合法，我公司要是拒绝法院要求扣款的做法到该负建筑公司款时直接付款可不可以？