档案被扣.学校不按合同办.怎么办?

我０３年毕业在和一私立学校签了三年的合同，按合同应工作到０7年，但我在０５年５月口头向学校辞职，他们同意让我们走，我们一直工作到７月初学期结束，但走时他们扣了我６月份的工资及７，８月分暑假工资．我的档案和派遣证放在教育局，如果要拿档案要学校签字，按合同要求我们只需交１０００元的违约金，但现在他要我们拿５０００元甚至更多，这种情况我们该怎么办？若合同遗失又该怎么办啊?是否就无法起诉该学校了?谢谢!