商品房的还款协议书

本人买房由于分两次付款,首付完后,佘款又给一月时间给,因此写了一份协议书,如佘款没有在约定时间付清,将按日利息万分之六给开发商,现在本人已按时把佘款给清,但是现在开发商说这协议书要备案不给我是不是合法. ?谢谢!,我还有一个问题需要讲一下:我签订的协议是一试两份,我自己也拿了一份,开发商一份,我的钱按时全部给清后,开发商也给我用电脑打印了一张正式发票,在签订协议的时候,也同时签订了商品房买卖(预售)合同,一式五份,开发商说,这要到房管局去签字,等签完后,给我拿两份,房管局一份,开发商两份,说一月左右给我,到现在还没有给我,所以情况就是这样的,那我的还钱协议该不该要回来,不拿回来的话有什么隐患.谢谢,急盼!