请问这份协议能否说明该房产为双方共有?

我父亲和朋友共同出资购买了一处商业用房,但是房产证上只写了朋友一个人的名字.另外他们还签了一份协议,协议上说明是了是共同出资以及出资比例,并写甲方同意把土地使用证和房产证变更为乙方为产权者,但乙方不得私自把二证以各种理由进行抵押,转让,出租. 请问这份协议能否说明该房产为双方共有?还是按照房产证上的名字为准,产权归他所有?如果是以房产证为准,那应该如何重新办理手续,将房产作为双方共有?