面对如此无理的单位该怎么办

我2004年大学毕业到某医院工作，就业协议交给单位签字盖章时，医院添加了几条限制条件，如：十年不得调动，三年不能考研等，如果违反需付违约金3000元到5000元。在这些条款后面只有医院法人代表签字，我自己没签字！请问那些条款是否具有法律效应？？我一直在这个单位工作，至今没有和医院签劳动合同（只有毕业在招聘会上签的那份就业协议书），现在我想辞职，医院不接受我的辞职报告，请问是否合法？我同事也和我情况一样，医院要求他赔偿所谓的违约金2000元，并以现在没有辞职费这个说法强迫我同事写了个自动放弃辞职费的书面条子，请问是否合理？我另一个同事比我早来这里工作一年，和医院签了劳动合同，她想辞职，医院借她耍了产假为主要理由要求其赔偿工作以来所有劳动收入加5000元！至今那同事因为给不起这么多所谓的违约金至今被迫仍在这里上班。这个单位还是公立医院，事业单位，一直就以不合理的违约金卡人，而且工资待遇又差，令人气愤！请问我们该怎么办？ 现在我好说歹说把辞职报告交给了院长，已经一星期仍没有答复，请问我该怎么办？如果医院漫天要违约金，借此不放人，我该怎么处理？这个医院经常就采取拖时间和高额违约金限制职工的辞职。