请教一个知识产权的问题,急!

我父亲发明的一种烧伤药品，后与某私人企业合作开发，申请批准文号。我父亲持有该药品90%的知识产权及50%的股分（当初为了申报方便曾委托某单位进行改剂型，作为补偿给合作方10%的知识产权，委托的单位不享有知识产权，这些都有原始合同及凭证的。）。现我父亲2005年三月去世，合作方在我父亲去世前一年私下将该药品与第三者合作（今年三月我们才知道此事）。而且第三者将该药品的制作工艺申请了专利（他申请的和我们手头的资料仅仅在于每种药品的剂量有所改动，工艺略有变化，其他大体相同）。我现正与第三者打侵权官司。本来我有请律师，但他说要让我将两种工艺拿去作鉴定。而且他说是法官如此要求的，否则会直接判我们输。我不是很懂法，我不知道是否是真的?而现实的情况是对方是一家大型企业的董事长，还是当地的人大代表，而我是一个一文不名的外地人,这种人为的鉴定变数很多，我怕花了钱还是难打赢这场官司。想请张律师给我指点一下迷津，在下万分感激！！还有对于合作方我们该如何起诉他？能否告他诈骗？