我需不需要赔偿这5000元钱?

本人是友联船厂的职工,学校毕业出来,在友联厂工作一年,刚过转正期(一年的转正期).由于公司转正待遇不好,我按照劳动合同提前一个月向公司提出辞职.(本人与友联厂签定3年合同,工作岗位:机电钳工).2006年09月05号.公司通知我去办离职手续.(证明公司领导同意我的辞职申请了).现在公司向我要求赔偿5000元的违约赔偿金,可这5000元的违约金是根据以前学校,我,友联 三方签定的毕业生就业协议书上要求的.现在我去友联厂之后,又与友联厂签定了正式的劳动合同.可第二份合同上没有规定违约的赔偿金额. 我应该按照哪份合同的要求?我想知道我需不需要付这5000元赔偿金?这个赔偿金合不合法?想咨询一下?