我是否需要按合同规定45天后才能离职?

因为我从事的职业引起了我的皮肤过敏，并有中山大学附属医院的证明，我已为该公司服务两年，劳动合同明年3月才到期，劳动合同中约定了在合同有效期内辞职的话扣违约金2000元，因为皮肤原因，我想辞职，且不愿接受公司安排的其他岗位。我需要按合同约定的提前45天递交辞职吗?我是否还可以申请医疗补助?