后被发现后还上，能不能拒绝给办理房证

各位大虾好，在下有问题请教，涉及到民事和刑事两方面： 我单位2000年时同职工集资向一个房地产公司购买一个整楼，分给职工做为福利分给职工，当时每位职工自己拿5万元，单位出5万元，单位和职工都签好协议，房子也分给职工，但没有给房证，好象是还欠房地产公司款，因此房产公司没给办证，就这样房证一直拖下来。后来，有名职工在单位挪用公款40万，后被发现后还上，单位没有追究。在2002年时要求辞职，就同单位要房证，单位领导同意其辞职，但说房证没办好，要大家统一办，就这样该职工办理了正常辞职手续。房子也一直住着。到了2005年年底的时候，单位把房证都办了，并且都发到个人手里，单位不想就这样把房子给这名职工，因此没有给他办理，想收回房子购买成本。现在这事一直拖着。 下面是单位同个人签的协议大概： 甲：单为 乙：职工 为解决部分职工住房困难，乙方出资五万甲方五万购****楼，经双方达成如下协议： 一、甲为乙办理个人房证，房屋交易的一切费用（交易费、契花税等）由甲方负责，乙方的房证由甲方同意保管 二、乙方分得的住房只允许个人居住，不得出租，不得将住房移做父母亲戚朋友居住，从分房日起三个月内必须搬进新居，否则视为放弃房权，公司将房屋收回，退还5万购房款， 三、乙方分得住房不允许自由出售，需出售由公司收回，退还五万元房款，分给无房居住的职工。 四、房权归乙方所有后，因个人行为发生的一切修缮费用由乙方自行负担。 2000年4月 请问各位大虾，现在如果以该名职工挪用过公款为由单位能不能拒绝给办理房证？如果单位提起刑事诉讼追究该职工，能不能收回房产？如果该职工提起诉讼，这两见事是分开解决还是一并处理呢？能不能要回房证？ 各位大虾在百忙之中给我解答，在下感激不尽。