中国石油这样做合法吗

我是一名中国石油的加油站站长，有一次站上来油了，专门负责此事的计量员不在，我只好亲自接卸油品，在接卸油品的过程中因为上级公司打电话找我，不在现场约10分钟。接卸完油品第二天发现少了2吨油，根据找有经验的老站长请教，判断肯定是送油的司机和押运员搞的鬼，这样的事在我们公司发现了不少，特别是最近。 我把事情经过上报给公司之后，公司反而让我赔偿5000元，也就是约1吨油的钱。现在我感觉很委屈，明明是押运员和司机陷害我，我还的赔钱。加上工资本来就不高，一个月能拿到手的就500多快，5000元等于是我10个月的工资。现在公司把我的身份证扣押了，还让我赔钱。 请问公司的这种做法合法吗？我应该怎样应对?