我要跳槽了，公司问我给我算违约金，这样算合理吗

本人2004年7月份与某民营公司签订劳动合同，一直工作到现在。我在2006年3月23日已向公司提交辞职报告，领导已签字交与公司人力资源部门。公司按我工作未满两年为由，让我交纳违约金，公司具体算法如下：两个月的工资＋公司从2004年4月起至2006年3月每月给我的100元的住房补贴。公司这样做是否合法？还有一点就是，我们公司实行的是每天9小时工作时间，六天工作制，而且有很长一段时间都没有加班费，现在有了加班费，但并未按劳动法中的比例给予，公司违反劳动法在先，我违约在后，是不是不用支付违约金？还有就是，我们公司现在改成了每天8小时40分钟的工作时间，大小礼拜轮休的工作制度，这样的话还算违反劳动法关于劳动时间的规定吗？我要搜集哪些证据，来证明公司是违法在先，而避免支付其高昂的违约金呢？ 烦请各位律师指点迷津，多谢！