一月中有数天以上每天加班三小时以上算不算违法

1 我们公司每月有一周以上的时间晚上加班都多于3小时，还有一个月加班超过40个小时的，而公司的解释是一年平均每月超过36小时才算违法，我看过劳动法，它是这样表述的：第四十一条 用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不 得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。所以我想问问劳动法说的每日不超过3小时和每月不超过36小时是不是一年中每月的平均上限？ 2 我跟公司的合同里约定，如毁约要交6000的违约金，如果上述情况公司违法，我辞职的话要不要交违约金？